Debian下安装配置R及其前端JGR
August 19th, 2008 | 
Author: 提到统计软件，第一个能想到的名字就是SPSS。SPSS好坏姑且不论，两个问题是第一它是收费软件，价格昂贵到稍稍有些离谱，总让我们这些囊中羞涩且脸皮薄不喜用盗版软件的家伙们所不喜；二是SPSS只有for windows的版本，用惯了linux之后，总不至于在debian/ubuntu上安装个虚拟机的xp系统专门跑spss吧。还好我们有优秀的统计软件R。至少从手头的文献看来，R的功能不亚于SPSS甚至有超过的可能。于是摸索着在我安装了debian etch的thinkpad x40上安装并配置了一下R。以下是简要的记录。
1.前期准备工作
1.1添加源
还是在/etc/apt/sources.list中添加R的源
sudo apt-get emacs /etc/apt/sources.list在最下端添加如下字段
# R statistics
deb http:///bin/linux/debian etch-cran/
deb-src http:///bin/linux/debian etch-cran/
c-x c-s保存，c-x c-c退出。在terminal中更新一下源:
sudo apt-get update1.2添加public key
update会提示出现如下错误，比如我所遇到的:
The following signatures couldn't be verified because the public key is not available: NO_PUBKEY 06F90DE5381BA480这主要是因为新添加的源无法找到对应的pubkey与之相对应。可以用如下的方式予以解决：
首先记住16位的pubkey，比如我这里对应的pubkey就是06F90DE5381BA48。
然后在keyserver中寻找该pubkey所对应的秘钥并添加到sources.list中
sudo gpg --keyserver wwwkeys.eu.pgp.net --recv-keys 06F90DE5381BA48
sudo gpg --armor --export 06F90DE5381BA48 | apt-key add -
注1：请将代码中16位的pubkey替换成相应的代码。
注2：代码中wwwkeys.eu.pgp.net是keyserver的网址，有时候由于伟大的墙等特殊原因无法正常访问，请替换成其他server，挨个试一下：
minsky.surfnet.nl
subkeys.pgp.net
search.keyserver.net
wwwkeys.pgp.net
pgp.dtype.org
wwwkeys.us.pgp.net再sudo apt-get update一下，怎么样，成功了吧。
2.R的安装
安装R使用这条命令
sudo apt-get install r-base r-base-dev会跳出来一系列需要安装的东东，选择Y安装下去就可以了。
安装完毕后，可以运行一下R检查是不是一切正常。在terminal中输入大写的R，回车。如果进入R的字符界面了，表示安装成功。
3.R的图形界面JGR安装及配置
在字符模式下操作R毕竟有些费时费力，所以需要一个图形前端JGR用来搞定R。
JGR是java程序，所以首先我们要在debian下搞定java及其中文化问题。java已经配置好了网友可以直接跳过这一步，进入3.2部分。
3.1Debian下的java安装及配置
主要是基于debian官方的java安装文档来进行的。
sudo apt-get install sun-java6-jdk 运行java配置命令
sudo update-alternatives --config java让新安装的/usr/lib/jvm/java-6-sun/jre/bin/java成为java的默认项。比如在我这里，就应该选择数字4,回车：
simon@simon:~$ sudo update-alternatives --config java
There are 4 alternatives which provide `java'.
Selection Alternative
-----------------------------------------------
1 /usr/bin/gij-wrapper-4.1
+ 2 /usr/lib/jvm/java-gcj/jre/bin/java
3 /usr/bin/gij-4.3
* 4 /usr/lib/jvm/java-6-sun/jre/bin/java
Press enter to keep the default[*], or type selection number:
3.2在R中安装并配置JGR
在terminal中运行如下命令，以使R支持java
sudo R CMD javareconf进而，在R中安装JGR
install.packages("JGR",dep=TRUE)那么，在R程序中打开JGR可以用如下命令（注意，是需要在R的命令行中执行）：
library(JGR)
JGR()注：不过这里我的安装遇到的问题是，我需要以sudo R的方式，用root权限启动R才能顺利打开JGR，用普通用户的方式则不行。暂时还不知道如何解决，正在努力寻找答案中。哪位大牛能够指点一二？不胜感激。
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